ANALISIS SIDIK JARI DNA VARIETAS UNGGUL PADI MENGGUNAKAN MARKA SSR (Simple Sequence Repeats)
Keywords:
Padi, keragaman genetik, varietas unggul, marka SSRAbstract
Marka SSR tergolong sebagai marka molekuler yang sangat efektif karena marka ini telah digunakan dalam berbagai studi keragaman genetik atau identifikasi verietas tanaman. Penelitian dilaksanakan di Laboratorium DNA Balai Besar Perakitan dan Modernisasi Pertanian Tanaman Padi (BRMT Padi) dari bulan Mei sampai bulan Agustus 2012. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui tingkat polimorfisme dan tingkat keragaman genetik varietas unggul dan tetua hibrida padi terbaru berdasarkan marka SSR (Simple Sequence Repeats). Hasil penelitian menunjukkan bahwa tingkat polimorfisme dari 36 marka SSR yang dihasilkan memiliki rata-rata sebesar 0,44 dengan nilai PIC berkisar 0,00 (RM1022 dan RM4608) sampai 0,83 (RM1369). Nilai keragaman genetik diperoleh berkisar antara 0,00 (RM1022 dan RM4608) sampai 0,85 (RM1369). Total alel dari 36 primer menghasilkan sebanyak 116 alel dengan rata-rata 3,22 alel/lokus SSR dan termasuk dalam kategori sedang. Pengelompokan 26 genotipe berdasarkan tingkat kemiripan genetik 10% diperoleh enam kelompok atau klaster yaitu klaster II (Inpago 4, Inpago 5), klaster VI (Inpari 20, Inpari 11, Inpari 13, Inpari 17, Inpari 16, Inpari 14, Inpari 15), klaster VII (Inpara 3, Inpara 1, Inpara 2), VIII (Inpari 18, Inpari 19), klaster X (GMJ6B, IR68897B, IR79156B), dan klaster XI (BP51-1, BH95E, Bio9, IR40750), serta lima genotipe yang berdiri sendiri yaitu Inpara 4, Inpago 6, Inpara 5, Inpari 12 dan BH33D.
References
Andarini, Y. N., & Nugroho, K. (2023). Pemanfaatan Kegiatan Analisis Keragaman Genetik Plasma Nutfah Padi Lokal di Indonesia. Vegetalika, 12(1), 47. https://jurnal.ugm.ac.id/jbp/article/view/77050
Anisaea, H., Masniawati, A., & Tambaru, E. (2015). Characterization and Kinship Between Bata Pulu Kuning Local Corn From Sinjai South Sulawesi and Carotenoid Syn 3 Corn From CIMMYT Based on Simple Sequence Repeat ( SSR ) Molecular Marker.
Botstein, D., White, R. L., Skolnick, M., & Davis, R. W. (1980). Botstein. Am J Hum Gen, 32, 314–331. papers2://publication/uuid/0B80518E-A22B-41F3-BE43-171F51007E42
Bucheyeki, T., Gwanama, C., Mgonja, M., Chisi, M., Folkertsma, R., & Mutegi, R. (2010). Genetic variability characterisation of Tanzania sorghum landraces based on simple sequence repeats (ssrs) molecular and morphological markers. African Crop Science Journal, 17(2), 71–86. https://doi.org/10.4314/acsj.v17i2.54201
Budiani, A., Woelan, S., Minarsih, H., Haris, N., & Putranto, R. A. (2014). Evaluasi 18 primer SSR untuk pengembangan sidikjari DNA tanaman karet (Hevea brasiliensis Muell. Arg.). Menara Perkebunan, 82(2), 81–94.
Collins, S. P., Storrow, A., Liu, D., Jenkins, C. A., Miller, K. F., Kampe, C., & Butler, J. (2021). No Title ??No Title No Title No Title.
Dede Nuraida. (2012). Pemuliaan Tanaman Cepat Dan Tepat Melalui Pendekatan MarkaMolekuler. El-Hayah, 2(2), 97–103.
Hidayatun, N., Chaerani, C., & Utami, D. W. (2011). Sidik Jari DNA 88 Plasma Nutfah Ubi Jalar di Indonesia Berdasarkan Delapan Penanda SSR. Jurnal AgroBiogen, 7(2), 119. https://doi.org/10.21082/jbio.v7n2.2011.p119-127
Johana, D., Dyah, R. P., Mufidah, Suprayogi, Satyawan, D., & Tasma, I. M. (2022). Analisis Segregasi Markah SSR dan Keragaan Fenotipe Empat Populasi F2 Kedelai Berdasarkan Karakter Morfologi dan Markah SSR. Jurnal AgroBiogen, 18(1), 11–20.
Marka, B., Simple, S. S. R., & Repeats, S. (n.d.). Karakterisasi genetik koleksi plasma nutfah sorgum (. 1–15.
Nahdi, M. S. (2019). Biologi Konservasi?: Integrasi Pandangan Islam dan Peran Masyarakat Dalam Konservasi Ekosistem Menuju Pembangunan Berkelanjutan (Sustainable Development Goals/SDGs). Biologi Konservasi, 1–8.
Nurdianawati, S., Wicaksana, N., & Anas, A. (2016). Analisis Kesesuaian Marka SSR ( Simple Sequence Repeats ) untuk Identifikasi Keragaman Genetik pada Kacang Bambara Asal Jawa Barat. Agrikultura, 27(2), 120–123. https://doi.org/10.24198/agrikultura.v27i2.10528
Pabendon, M. B., Dahlan, M., Sutrisno, S., & George, M. L. C. (2016). Karakterisasi Kemiripan Genetik Koleksi Inbrida Jagung Berdasarkan Marka Mikrosatelit. Jurnal AgroBiogen, 2(2), 45. https://doi.org/10.21082/jbio.v2n2.2006.p45-51
Putri, R. E., & Handayani, E. (2021). Keragaman Genetik 27 Aksesi Kedelai ( Glycine Max L . Merr .) Introduksi Subtropis Berdasarkan Marka SSR Genetic Diversity of 27 Accessions of Soybean ( Glycine max L . Merr .) Introduced from Subtropics Based on SSR Marker. Jurnal Agroteknologi Dan Inovasi Pertanian, 10(1), 1–17.
Rizkyantoro, A. F., Afifuddin, A., & Widhiarso, D. (2021). Pemanfaatan Penanda SSR untuk Analisis Sidik Jari DNA Kentang ( Solanum tuberosum L .) ( Utilization of SSR markers for DNA Fingerprinting Analysis of Potato ( Solanum tuberosum L .)). September, 380–393.
Susanto, U., Satoto, S., Rohmah, N. A., & Mejaya, M. J. (2014). Similarity of 26 New Released Rice Varieties and Rice Parental Hybrids Based on 36 SSR Markers. Jurnal Penelitian Pertanian Tanaman Pangan, 33(2), 71. https://doi.org/10.21082/jpptp.v33n2.2014.p71-76
Terryana, R. T., Ningrum, N. D. S. A., Nugroho, K., Saptadi, D., Kurniawan, H., & Lestari, P. (2020). Genetic Diversity Analysis and Development of DNA Fingerprints of 20 Indonesian Local Chili Pepper Varieties Based on SSR Markers. Jurnal AgroBiogen, 16(2), 45. https://doi.org/10.21082/jbio.v16n2.2020.p45-58
Terryana, R. T., Nugroho, K., Reflinur, R., Mulya, K., Dewi, N., & Lestari, P. (2018). Keragaman Genotipik dan Fenotipik 48 Aksesi Kedelai Introduksi Asal Cina. Jurnal AgroBiogen, 13(1), 1. https://doi.org/10.21082/jbio.v13n1.2017.p1-16
Thomson, M. J., Septiningsih, E. M., Suwardjo, F., Santoso, T. J., Silitonga, T. S., & McCouch, S. R. (2007). Genetic diversity analysis of traditional and improved Indonesian rice (Oryza sativa L.) germplasm using microsatellite markers. Theoretical and Applied Genetics, 114(3), 559–568. https://doi.org/10.1007/s00122-006-0457-1
Yulita, S. K., & Naiola, B. (2013). Keragaman Genetik Beberapa Aksesi Jagung dari Nusa Tenggara Timur Berdasarkan Profil Inter Short Sequence Repeat profiles. Jurnal Biologi Indonesia, 9(2), 255–263.
